De eerste nederzetting werd op deze plek gesticht in 1848. Ze konden op de schrale grond maar net in hun levensonderhoud voorzien. Dertien jaar later werd er in Central Otago goud gevonden. En omdat hier de dichtstbijzijnde haven was bloeide het stadje op. Het ontwikkelde zich in 5 jaar tijd tot de rijkste stad van het land.

De stad groeide en groeide. Sinds enige tijd is Dunedin de toegangspoort tot het schiereiland, een belangrijk centrum voor het ecotoerisme.